为保证实验中心实验教学质量，在总结多年实验教学工作的基础上，中心进一步修订完善了物理实验教学运行管理制度，成为中心实施、指导、监控、考核物理实验教学的主要依据。
1、物理实验教学中心工作的指导、监控和考核由教学指导组负责，成员由物理实验中心负责人和专、兼职教师组成，其工作依据为各项管理规定。
2、教学计划的制定修改、物理实验内容的选择调整、教学任务的安排均由教学指导组负责进行。
3、为确保物理实验教学过程的规范，中心编制“物理实验教学指导书”，每位指导教师和物理实验人员人手一册，认真遵照执行。
4、每位指导教师课前应准备好讲义和教案，新物理实验开出前，必须作预实验；认真填写好“物理实验环节考核表”，作为考查学生物理实验成绩的依据；每学期末将物理实验成绩、物理实验环节考核表和学生物理实验报告一并交物理实验教学中心存档保管。
5、完善听课制度，教学指导组经常听课，中心负责人掌握教学运行的整体情况，及时协调解决各组反映的问题，保证物理实验教学的正常进行。
6、完善集体备课制度。各模块在教学指导组指导下，根据本模块实际情况开展集体备课，交流情况，互相帮助，互相学习。
7、指导教师和物理实验人员重视物理实验过程，把现场指导学生的实际操作作为物理实验教学的重要环节，以纠正错误、发现问题，增强学生实际动手能力，使学生每次物理实验均有收获。
教学督导制度是应用物理实验中心教学质量监控的重要组成部分。中心建立了校、系部、教师同行三级教学督导制度。
一是强化督导队伍建设。督导组成员全部由教学经验丰富，教学责任心强，治学严谨，学术和教学水平兼备，作风正派的老教师组成。
二是完善督导工作制度。建立随机听课、课堂点评、集中评价制度，使集中督导常态化，及时发现物理实验教学存在的问题，及时予以汇总解决。
三是建立信息交流制度。督导组通过听课、与师生交谈，将收集到的大量信息包括师生的意见建议等，及时反馈给质量管理部门。
四是确立学生导学制度。督导组不仅对教师的课堂教学进行督导，同时也对学生进行学习指导，及时了解学生的学习情况，指导学生健康成长。
应用物理实验中心以素质教育、能力培养为核心，对物理实验教学体系和教学内容进行全面改革，打破了学科界线，将物理实验课完全从各学科中分离出来，重新融合优化。通过创新物理实验教学方法、手段，推进学生自主学习、研究性学习的主动性和积极性，使学生对课程内容的认识加深，物理实验技能提高，并使物理实验教学个性化，做到因材施教。